В начале тридцатых годов прошлого столетия назрела серьезная социальная необходимость создания медицинской службы ориентированной на оказание специализированной помощи детскому населению страны. На основании решения Правительства СССР в стране открываются педиатрические факультеты медицинских институтов, для подготовки специалистов по различным медицинским специальностям актуальных для детского возраста.  И одна из первых в нашей стране кафедра детской хирургии была организована в 1931 году во 2-ом Московском государственном медицинском институте.

Первыми руководителями созданной кафедры стали профессор Константин Дмитриевич Есипов -  известный топограф-анатом и специалист по костно-суставному туберкулезу (1931-1935 г.г.) и крупный хирург Владимир Петрович Вознесенский (1935-1943). В эти годы в клинике успешно применялись функциональный метод лечения переломов костей у детей, переливание крови, открытый метод лечения ожогов тела,  внедряются новые методы исследований почек и мочевого пузыря, оригинальные операции у детей, первичная пластика мочеиспускательного канала при травме. Много внимания уделялось вопросам диагностики и лечения острой хирургии органов брюшной полости у детей различного возраста, острого и хронического остеомиелита.

В 1943 г. кафедру возглавил Сергей Дмитриевич Терновский. С этого момента начинается новый этап развития кафедры.

С.Д. Терновский по нраву считается основоположником отечественной научной школы детских хирургов. Воспитанный в лучших традициях трех крупнейших русских медицинских школ — А.В. Мартынова, Г.Н. Сперанского и Т.П. Краснобаева Сергей Дмитриевич Терновский все свои научные и организаторские усилия направил на фундаментальную разработку основных проблем и направлений в детской хирургии.

В 1957 году Сергей Дмитриевич Терновский в своей актовой речи осветил первый опыт хирургического лечения новорожденных с врожденными пороками развития. С этого началось становление хирургии новорожденных, как самостоятельного раздела детской хирургии пашей клиники.

В эти годы коллектив кафедры развивает новые направления научных исследований по актуальным вопросам неотложной и торакальной хирургии, урологии, травматологии и ортопедии, хирургии новорожденных, онкологии, анестезиологии и реаниматологии. Результаты научных исследований отражены в монографиях и 45 научных трудах.

За годы деятельности С.Д. Терновского кафедра становится учебно-методическим центром, академической школой детских хирургов и преподавателей вузов.

Под влиянием работ школы член-корреспондента  АМН СССР С.Д. Терновского возрастает авторитет и роль отечественной хирургии детского возраста. Сергей Дмитриевич представляет нашу страну на многих международных и национальных конгрессах, конференциях и симпозиумах педиатров и хирургов.

С 1961 г. кафедрой руководил Иван Константинович Мурашов. В клинике продолжали разрабатываться вопросы торакальной и абдоминальной хирургии, проктологии, травматологии, проблемы острой хирургической инфекции. Успешно завершен ряд научных исследований, начатых ещё при жизни С.Д. Терновского.

С 1966 г. и по настоящее время кафедрой руководит ученик С.Д. Терновского — Юрий Федорович Исаков, академик РАМН, Лауреат государственных премий, Заслуженный деятель науки, Заслуженный врач РФ.

Новый импульс получили научные исследования в области разработки принципиально новых методов диагностики и лечения хирургических заболеваний, использования в хирургии научно-технических достижений. Юрий Федорович Исаков, являясь руководителем комитета образовательных учреждений Министерства здравоохранения СССР всемерно способствует развитию системы преподавания специальности «детская хирургия» в медицинских вузах страны.

Открываются новые кафедры в институтах усовершенствования врачей, значительно расширяется подготовка кадров детских хирургов, анестезиологов и реаниматологов. Организуются республиканские и межобластные центры детской хирургии, которые сыграли большую роль в совершенствовании детской хирургии в стране. В этот период кафедра детской хирургии 2-го МОЛГМИ им. Н.И. Пирогова становится методическим учебно-научным центром страны.

В 1968 году на кафедре создастся первая в стране научно-исследовательская лаборатория детской анестезиологии и реаниматологии.

В 1973 г. на базе кафедры детской хирургии организуется Всесоюзный центр детской хирургии, анестезиологии и реаниматологии МЗ СССР. В состав центра кроме кафедры входят Проблемная научно-исследовательская лаборатория хирургии, анестезиологии и реаниматологии детского возраста и академическая группа. В 1998 году он преобразован в Научно-практический центр детской хирургии, анестезиологии и реаниматологии МЗ РФ и представляет собой большой коллектив преподавателей и научных сотрудников.

Клиника является одним из ведущих учебных и научно-исследовательских учреждений в стране. Разрабатываются важнейшие научные проблемы и решаются практические вопросы во всех отраслях хирургии детского возраста.

Весь период работы кафедры характеризуется развитием структурных клинических и параклинических направлений в детской хирургии, передовых методов лечения. Большинство из созданных при академической группе Ю.Ф. Исакова временных научных коллективов сегодня преобразованы в структурные подразделения клинических стационаров. Так, сформировались такие отделения как: искусственной почки и экстракорпоральных методов лечения, городской токсикологический центр, отделение реанимации новорожденных, бароцентр, отделения ангиографии и эндоваскулярной хирургии, радиоизотопной диагностики, эндоскопическое отделение и др.  На протяжении многих лет в рамках научной программы профилактики и лечения гнойно-септических осложнений в детской хирургии и клинике проводились исследования в области гнотобиологической изоляции.

В 1978 году было открыто первое в нашей стране отделение гипербарической оксигенации в детской клинике.

В 1981 году в клинике создана первая в нашей стране детская микрохирургическая служба при академической группе академика РАМН, профессора Ю.Ф. Исакова. В 1987 году научная группа организационно оформилась как  отделение микрохирургии ДГКБ №13 им. Н.Ф. Филатова, в котором ежегодно выполняется более 500 оперативных вмешательств.

В течение 25 лет клиника детской хирургии РГМУ является ведущим научно-практическим учреждением в нашей стране, постоянно занимающимся развитием детской лапароскопической хирургии. С 1981 по 2006 г.г. выполнено 12000 диагностических и оперативных лапароскопий у детей различного возраста, включая новорожденных. Результаты применения малоинвазивных лапароскопических технологий полностью подтверждают значительные преимущества этих методик перед общепринятыми открытыми вмешательствами и определяют огромные перспективы в развитии этого направления в детской хирургии.

В последние годы в клинике стали возможными сложные кардиоваскулярные операции у детей раннего возраста.

• В 1988 году при кафедре был создан курс анестезиологии и реаниматологии детского возраста при факультете усовершенствования врачей 2-го МОЛТМИ им. Н.И. Пирогова. За годы работы на курсе прошли усовершенствование многие специалисты — анестезиологии и реаниматологии из всех регионов СССР. В 1993 году курс преобразован в кафедру ФУВ РГМУ. С момента организации курса и по настоящее время кафедрой руководит профессор, доктор медицинских наук Л.Е. Цыпин.
• В 1993 году для координации научной, практической, международной деятельности была создана Российская Ассоциация детских хирургов. Председателем Президиума Ассоциации был избран Академик РАМН, главный детский хирург МЗ РФ Юрий Федорович Исаков.
• В 1996 году по инициативе Юрия Федоровича Исакова был создан (зарегистрирован) специализированный журнал «Детская хирургия». В 1997 году вышел первый номер, положивший начало регулярному изданию, посвященному наиболее актуальным вопросам детской хирургии, травматологии – ортопедии и анестезиологии-реаниматологии.
• С 1997 г функционирует служба антибактериальной терапии - как творческое объединение академической группы академика РАМН Ю.Ф. Исакова, кабинета рациональной антибиотикотерапии Департамента здравоохранения г. Москвы, лаборатории клинической микробиологии, газовой хроматографии и хроматомасс-спектрометрии ДГКБ №13 им. Н.Ф. Филатова.
• В 1999 году при кафедре организован курс эндоскопической хирургии в педиатрии
• В 2003 г. - курс детской урологии-андрологии.
• С 2004 года при непосредственном участии кафедры на базе Научного Центра акушерства, гинекологии и перинатологии РАМН создано отделение перинатальной хирургии, в котором проводятся неотложные хирургические вмешательства по поводу пороков развития, выявленных в пренатальном периоде развития ребенка.

В разные годы на кафедре работали выдающиеся представители науки и ведущие хирурги, в последующем руководители лечебных подразделений и научных школ. Это академики РАМН С.Я. Долецкий, М.В. Волков, профессора М.В. Громов, II.И. Кондрашин, Ю.А. Тихонов, В.Л. Андрианов, В.М. Державин, А.Г. Пугачев, A.M. Ленюшкин, В.А. Гераськин, В.В. Гаврюшов, А.П. Ерохин, доценты А.Е. Звягинцев, Е.Г. Дубейковская, Л.А. Ворохобов и многие другие.

За прошедшие 45 лет па кафедре защищено более 420 диссертаций, из них 85 докторских. Сотрудниками кафедры опубликовано 50 монографий, руководств и 18 учебников, 10 тематических сборников и научных трудов, написано более 70 глав в различных руководствах и более 1500 научных статей в центральных медицинских журналах и научных сборниках.

Коллектив кафедры непосредственно участвует в практической хирургической работе  ДГКБ №13 им. Н.Ф. Филатова и Российской детской клинической больницы. Повседневная хирургическая работа позволяет поддерживать высокий профессиональный уровень научно-преподавательского коллектива. Ведущими сотрудниками кафедры постоянно проводится большая консультативная работа в составе Московского диагностического Центра.

Свидетельством высокого уровня научного и практического развития клиники детской хирургии стали операции по разделению двух пар сиамских близнецов, которые потребовали проведения комплексного лечения с участием специалистов в области торакальной, абдоминальной хирургии, ортопедии, урологии и пластической хирургии при высоком уровне анестезиологического и реаниматологического  обеспечения.

В составе кафедры работают Академики Российской Академии медицинских наук Ю.Ф. Исаков,  В.А. Михельсон; 18 профессоров, 10 доцентов, 22 ассистента.